Организация создана, решением Мосгорисполкома в 1964 году в составе Моспроект-2. С 1995 ГУП «Зеленоградпроект», с 2005 ГУП г. Москвы "Зеленоградпроект", с 2009 ГУП г. Москвы им. И.А. Покровского "Зеленоградпроект" с 2013 АО "Зеленоградпроект"им. И.А. Покровского Организацией запроектированы практически все жилые здания, подавляющее большинство общественных зданий и сооружений города Зеленограда, в т.ч.: Дворец культуры, Дворец пионеров, 2 кинотеатра, комплексы общественных и торговых зданий в центре города с 29 этажной гостиницей. Здания Совета Федерации в Москве, посольства в Париже и Вьентьяне и много других зданий и сооружений. В настоящее время основное направление института разработка проектов застроек микрорайонов, проектов индивидуальных жилых домов со встроенно-пристроенными помещениями и инженерных сетей и объектов и др.